Tải bản đầy đủ

Nghiên cứu sự lưu hành và đặc điểm dịch tễ học phân tử của porcine circovirus type 2 (PCV2) ở lợn nuôi tại việt nam (tt)

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM

PHẠM HỒNG QUÂN

NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH VÀ ĐẶC ĐIỂM DỊCH
TỄ HỌC PHÂN TỬ CỦA PORCINE CIRCOVIRUS
TYPE 2 (PCV2) Ở LỢN NUÔI TẠI VIỆT NAM

CHUYÊN NGÀNH: DỊCH TỄ HỌC THÚ Y
MÃ SỐ: 9 64 01 08

TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ

Hà Nội, 2019


Công trình được hoàn thành tại: Học viện Nông nghiệp Việt Nam

Người hướng dẫn khoa học 1: PGS.TS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ
Người hướng dẫn khoa học 2: PSG.TS. Phạm Công Hoạt


Phản biện 1: GS.TS. Nguyễn Quang Tuyên
Trường Đại Học Nông lâm, Đại học Thái Nguyên
Phản biện 2: PGS. TS. Nguyễn Hữu Nam
Học viện Nông nghiệp Việt Nam
Phản biện 3: TS. Bùi Nghĩa Vượng
Viện Thú y

Luận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng đánh giá luận án cấp Học viện họp tại Học
viện Nông nghiệp Việt Nam vào hồi …. giờ …. ngày….. tháng …. năm 2018

Có thể tìm hiểu luận án tại thư viện:
- Thư viện Quốc gia Việt Nam
- Thư viện Học viện Nông nghiệp Việt Nam


PHẦN 1. MỞ ĐẦU
1.1. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI
Ngành chăn nuôi nói chung và chăn nuôi lợn nói riêng đang ngày càng phát
triển và chiếm vị trí quan trọng trong nền nông nghiệp nước ta. Cùng với các tiến
bộ kỹ thuật về giống, thức ăn, quản lý, thú y kết hợp với các biện pháp khuyến
khích chăn nuôi của nhà nước làm cho ngành chăn nuôi lợn phát triển với tốc độ
tương đối cao, mang lại hiệu quả kinh tế cho người dân đồng thời góp phần vào
nền kinh tế quốc gia.
Tuy nhiên, ngành chăn nuôi lợn cũng có nhiều thách thức đó là sự gia tăng
và diễn biến ngày càng phức tạp của dịch bệnh, trong đó Hội chứng bệnh do
PCV2 được coi là nguyên nhân gây thiệt hại kinh tế nghiêm trọng. Tại Việt Nam,
Hội chứng còi cọc ở lợn con sau cai sữa xuất hiện đầu tiên vào năm 2000 và gây
ra những ảnh hưởng đáng kể cho ngành chăn nuôi lợn. Tuy nhiên các nghiên
cứu về sự lưu hành, đặc điểm dịch tễ học và sự đồng nhiễm của PCV2 với một
số mầm bệnh khác đến nay còn hạn chế và mới chỉ tập trung theo vùng, miền.
Xuất phát từ các vấn đề nêu trên, chúng tôi tiến hành đề tài nghiên cứu
nhằm làm rõ về sự lưu hành, hoàn thiện bức tranh về đặc điểm dịch tễ học phân
tử và sự đồng nhiễm của PCV2 với một số virus trong điều kiện sản xuất thực tế
của các cơ sở chăn nuôi lợn xuyên suốt ở cả ba miền Bắc – Trung – Nam trên cả
nước. Kết quả của đề tài là cơ sở khoa học quan trọng mở ra hướng nghiên cứu
mới và đề ra các biện pháp phòng chống bệnh do PCV2 có hiệu quả, nhất là
công tác lựa chọn chủng virus phù hợp trong sản xuất vắc xin phòng bệnh cho
đàn lợn nuôi trong nước.
1.2. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI
- Xác định sự lưu hành và một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của PCV2 ở


lợn nuôi tại Việt Nam.
- Xác định sự đồng nhiễm của PCV2 với một số ADN, ARN virus ở lợn
nuôi tại Việt Nam.
1.3. PHẠM VI NGHIÊN CỨU
Mẫu được thu thập từ các trại nuôi lợn thuộc 14 tỉnh nghiên cứu đại diện
1


cho ba miền Bắc – Trung – Nam ở Việt Nam bao gồm: Thái Nguyên, Hà Nội,
Hòa Bình, Bắc Ninh, Hưng Yên, Hải Phòng, Hải Dương, Hà Tĩnh, Quảng Trị,
Thừa Thiên Huế, Quảng Nam, Bình Dương, Tiền Giang và Vĩnh Long.
Thời gian thực hiện từ tháng 6 năm 2015 đến tháng 6 năm 2018.
1.4. NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA ĐỀ TÀI
- Xác định được tỷ lệ lưu hành và bổ sung đầy đủ thêm bức tranh dịch tễ về
virus PCV2 đang lưu hành tại Việt Nam.
- Đánh giá được sự đồng nhiễm của PCV2 với một số virus (PPV, TTV,
PRRS, PCV3) ở lợn nuôi tại Việt Nam.
- Trong quá trình thực hiện đề tài đã xác định thêm được sự lưu hành của
loài virus mới PCV3 ở lợn nuôi tại Việt Nam.
1.5. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI
1.5.1. Ý nghĩa khoa học
- Đây là một trong những nghiên cứu có hệ thống về sự lưu hành, đặc điểm
dịch tễ học phân tử của PCV2 và sự đồng nhiễm của PCV2 với một số virus ở
lợn nuôi tại Việt Nam.
- Đây là nghiên cứu mới về Porcine circovirus 3 (PCV3), một loài virus
mới lưu hành của ở đàn lợn nuôi tại Việt Nam.
- Kết quả nghiên cứu của đề tài là tài liệu tham khảo tốt phục vụ cho những
nghiên cứu tiếp theo về PCV.
1.5.2. Ý nghĩa thực tiễn
- Khuyến cáo cho việc sử dụng vắc xin phòng bệnh phù hợp với nhánh
virus mới lưu hành trong thực tế ở mỗi khu vực nghiên cứu.
- Kết quả nghiên cứu của đề tài giúp chủ động đề xuất được biện pháp
phòng PCVAD có hiệu quả, hạn chế thiệt hại do dịch bệnh gây ra bởi PCV2 cho
đàn lợn nuôi tại Việt Nam.
- Trên cơ sở phát hiện của đề tài về một loài virus mới PCV3, mở ra hướng
nghiên cứu sâu hơn về đánh giá sự lưu hành, cũng như vai trò gây bệnh và tác
động của PCV3 tới sức sản xuất của đàn lợn để đưa ra các giải pháp phòng,
chống có hiệu quả.
2


PHẦN 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
2.1. TÌNH HÌNH CHĂN NUÔI LỢN TẠI VIỆT NAM
Ngành chăn nuôi lợn của Việt Nam chủ yếu là chăn nuôi nhỏ lẻ ở qui mô
hộ gia đình, môi trường chăn nuôi không đảm bảo vệ sinh thú y, phong tục tập
quán của người Việt Nam mang nhiều yếu tố nguy cơ làm phát sinh và lây lan
dịch bệnh ở lợn như: sử dụng thịt lợn tươi sống là chủ yếu, giết mổ nhỏ lẻ tại hộ
gia đình, sử dụng cả thịt lợn mắc bệnh, buôn bán lợn nhỏ lẻ không qua kiểm
dịch thú y, chăn nuôi lợn tận dụng nguồn thức ăn thừa từ các nhà hàng,... nên
nhiều loại dịch bệnh ở lợn, trong đó có Hội chứng bệnh do PCV2 có thể tồn tại,
lưu hành trong thời gian dài.
2.2. BỆNH DO PCV2 GÂY RA Ở LỢN NUÔI
2.2.1. Giới thiệu về PCV2
2.2.1.1. Phân loại
PCV2 thuộc giống Circovirus, họ Circoviridae. Họ circoviridae gồm 2
giống: Giống Anellovirus, Giống Circovirus.
2.2.1.2. Hình thái, cấu trúc
PCV mang bộ gen là ADN virus sợi đơn vòng chứa khoảng 1759
nucleotide (PCV1) và khoảng 1767 - 1768 nucleotide (PCV2).
2.2.1.3. Sức đề kháng
PCV2 có khả năng sống được 15 phút ở nhiệt độ 70oC, bị bất hoạt ở pH= 3.
Ở nhiệt độ phòng, khi bị tác động trong 10 phút bởi một số chất sát trùng như
chlorhexidine, formaldehyde, iodine, vikon và cồn thì hiệu giá của virus giảm.
2.2.2. Dịch tễ học của bệnh do PCV2
2.2.2.1. Loài cảm thụ
Tất cả các giống lợn đều mẫn cảm với bệnh, kể cả lợn nuôi và lợn hoang dã.
2.2.2.2. Chất chứa mầm bệnh
Mầm bệnh có trong dịch bài xuất, bài tiết và trong huyết thanh, virus còn
có thể bài thải qua tinh dịch, phân, nước tiểu, sữa non, sữa từ lợn nhiễm bệnh.
2.2.2.3. Phương thức truyền lây
Sự lây lan của PCV2 từ lợn sang lợn, từ người sang lợn, từ động vật gặm
nhấm sang lợn, từ ký sinh trùng sang lợn, từ môi trường chuồng trại sang lợn.
Mầm bệnh xâm nhập vào cơ thể chủ yếu qua đường miệng - mũi.

3


2.2.3. Cơ chế sinh bệnh
PCV2 gây suy giảm miễn dịch dẫn tới tác động đáng kể lên sức sản xuất ở
lợn, từ đó tạo điều kiện thuận lợi cho nhiều loại mầm bệnh khác xâm nhập và
gây bệnh.
2.2.4. Triệu chứng và bệnh tích ở lợn mắc PCV2
2.2.4.1. Triệu chứng lâm sàng
Hiện tượng xác gầy và sưng ở các hạch lympho, còi cọc, lông thô, khô xơ
xác, ngoài ra có một tỷ lệ lớn lợn có triệu chứng về hô hấp và bị ỉa chảy.
2.2.4.2. Bệnh tích
Hiện tượng sưng và xuất huyết ở các hạch lympho; ngoài ra, các tổn
thương còn biểu hiện ở một số cơ quan như phổi có biểu hiện viêm ở các mức
độ khác nhau, gan, thận, ruột, lách xuất huyết.
2.2.5. Một số hội chứng ở lợn có liên quan đến sự nhiễm PCV2
Hội chứng gầy còm ở lợn sau cai sữa, Hội chứng viêm da và viêm thận,
Hội chứng rối loạn sinh sản ở lợn, Hội chứng rối loạn hô hấp ở lợn, Hội chứng
viêm ruột ở lợn, Hiện tượng nhiễm PCV2 thể cận lâm sàng.
2.2.6. Chẩn đoán
Chẩn đoán lâm sàng, Chẩn đoán phân biệt, Chẩn đoán huyết thanh học,
Chẩn đoán sinh học phân tử.
2.2.7. Phòng bệnh
Thay đổi phương thức chăn nuôi, áp dụng các biện pháp an toàn sinh học,
chuồng trại đảm bảo vệ sinh thú y, lợn mua về cần được kiểm dịch và chăm sóc
nuôi dưỡng tốt. Phòng bệnh bằng vắc xin.
2.2.8. Điều trị
Bệnh do virus nên không có thuốc điều trị đặc hiệu.
2.3. HIỆN TƯỢNG ĐỒNG NHIỄM DO PCV2 GÂY RA
Trong thực tế có nhiều giả thuyết được đưa ra nhằm giải thích tại sao có nhiều
căn nguyên kết hợp cùng với PCV2 trong hội chứng còi cọc ở lợn sau cai sữa.
Trước hết, có thể một số mầm bệnh có cùng cơ chế sinh bệnh gây ảnh hưởng đến
hệ miễn dịch của cơ thể, khiến cho lợn nhiễm PCV2 có triệu chứng của PMWS
(Darwich et al., 2003). Opriessnig et al. (2007) cho biết mặc dù hầu hết lợn trong
đàn có thể bị nhiễm PCV2 nhưng chỉ có khoảng 5 – 30% lợn mẫn cảm biểu hiện
triệu chứng. Có bốn yếu tố ảnh hưởng đến sự phát sinh PCVAD do nhiễm PCV2 là
4


cấu trúc và độc lực virus, giống lợn, sự đồng nhiễm, trạng thái miễn dịch của cơ thể.
Thử nghiệm lâm sàng đã chứng minh trong điều kiện thực nghiệm một
mình PCV2 không gây bệnh mà kết hợp với một số virus như PRRS, PPV, TTV
mới gây bệnh thể lâm sàng. Trong hầu hết các trường hợp lợn có triệu chứng lâm
sàng rõ khi được gây nhiễm đồng thời với một số mầm bệnh truyền nhiễm hoặc
không truyền nhiễm (Rovira et al., 2002). Do đó PCV2 được coi là điều kiện cần
nhưng chưa đủ để gây thành bệnh (Tomás et al., 2008).
2.4. TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU TRONG VÀ NGOÀI NƯỚC VỀ PCV2
2.4.1. Tình hình nghiên cứu trên thế giới
PCV2 được phát hiện năm 1991 tại Canada nhưng kết quả nghiên cứu của
Jacobsen et al. (2009) khẳng định sự tồn tại của PCV2 ở lợn từ năm 1962 tại miền
Bắc nước Đức.
PCV2 có 4 genotype chính (PCV2a, PCV2b, PCV2c và PCV2d) và 8 nhánh
di truyền (cluster) 2A-2E và 1A-1C được công nhận. PCV2b chủ yếu được phát
hiện kể từ năm 2003.
Điểm đặc biệt trong cơ chế sinh bệnh của PCV2 là hiện tượng đa nhiễm hoặc
bội nhiễm với nhiều loại mầm bệnh khác. Các nghiên cứu cho thấy yếu tố đồng
nhiễm như nhiễm đồng thời với các tác nhân gây bệnh liên quan đến sự phát
triển của PCVAD (Hasslung et al., 2005; Opriessnig et al., 2012).
2.4.2. Tình hình nghiên cứu trong nước
Bằng chứng huyết thanh học cho thấy sự xuất hiện của PCV2 vào năm 2000
(Nguyễn Thị Thu Hồng và cs., 2006). Từ đó đến nay, các nghiên cứu về PCV2
được thực hiện đều khẳng định sự hiện diện và nguy cơ ngày càng lan rộng của
PCV2 ở mọi quy mô chăn nuôi lợn. Tuy nhiên, các nghiên cứu mới chỉ tập trung
theo vùng, miền (miền Bắc, miền Trung hoặc miền Nam), chưa có nghiên cứu nào
thực hiện để làm rõ sự lưu hành và cập nhật về đặc điểm dịch tễ học phân tử, sự
đồng nhiễm của PCV2 xuyên suốt ở cả 3 miền Bắc – Trung - Nam trên cả nước.
Đề tài được thực hiện với mục đích làm sáng tỏ về sự lưu hành, hoàn thiện bức
tranh về đặc điểm dịch tễ học phân tử và sự đồng nhiễm của PCV2 với một số virus
ở lợn nuôi xuyên suốt tại ba miền Bắc – Trung – Nam của Việt Nam. Kết quả của đề
tài là cơ sở khoa học quan trọng mở ra hướng nghiên cứu mới và công tác lựa chọn
chủng virus phù hợp trong sản xuất vắc xin phòng bệnh cho đàn lợn trong nước.

5


PHẦN 3
NỘI DUNG - VẬT LIỆU - PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
3.1. ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU
- Mẫu được lấy tại các trại chăn nuôi lợn thuộc 14 tỉnh tại Việt Nam.
- Nghiên cứu được tiến hành tại khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt
Nam; cùng với sự giúp đỡ của Trung tâm chẩn đoán Thú y Trung ương.
- Giải trình tự gen được thực hiện tại Công ty 1st BASE, Singapore.
3.2. THỜI GIAN NGHIÊN CỨU
Nghiên cứu được tiến hành từ tháng 6 năm 2015 đến tháng 3 năm 2019.
3.3. VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU
- Mẫu nghiên cứu được thu thập ở cả lợn ốm và lợn khỏe bình thường.
- Các loại dụng cụ, sinh phẩm và hóa chất dùng: tách chiết ADN/ARN tổng
số, phản ứng PCR/ Realtime PCR và giải trình tự gen.
3.4. NỘI DUNG NGHIÊN CỨU
- Xác định sự lưu hành của PCV2 ở lợn nuôi tại Việt Nam.
- Xác định đặc điểm dịch tễ học phân tử của PCV2 lưu hành ở lợn nuôi tại
Việt Nam.
- Xác định sự đồng nhiễm của PCV2 với một số ADN virus (TTV, PPV,
PCV3) và ARN virus (PRRS) ở lợn nuôi tại Việt Nam.
3.5. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
3.5.1. Phương pháp tính toán dung lượng mẫu
Để phát hiện tỷ lệ lưu hành PCV2 ở lợn nuôi, thiết kế lấy mẫu bệnh phẩm
nghiên cứu bằng phương pháp lấy mẫu ngẫu nhiên đơn giản, nhiều giai đoạn để
thu thập mẫu bao gồm các tầng/giai đoạn như sau:
Tính số lượng mẫu ở từng cấp độ, sử dụng công thức sau:

  1   
e2
Trong đó: n1: Số cơ sở/mẫu cần lấy; P: Là tỷ lệ lưu hành ước tính (dựa vào
số liệu tổng quan các nghiên cứu từ năm 2000 – 2018 đã tổng hợp được tỷ lệ lưu
hành ước tính ở từng cấp độ); z = 1.96, tương đương với độ tin cậy 95%; e = Sai
số tuyệt đối giữa giá trị ước tính so với mức độ lưu hành thực tế. Trong nghiên
cứu này, chúng tôi chọn sai số (e) = 10%.
Tổng hợp tình hình lấy mẫu nghiên cứu được trình bày ở bảng 4.1.
n1  z 2 

6


Bảng 4.1. Tổng hợp tình hình lấy mẫu nghiên cứu
TT
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

Tỉnh

Số xã cần
lấy mẫu

Bắc Ninh
Hải Dương
Hòa Bình
Hà Nội
Hải Phòng
Hưng Yên
Thái Nguyên
Hà Tĩnh
Quảng Trị
Huế
Quảng Nam
Bình Dương
Tiền Giang
Vĩnh Long
Tổng số

(a)
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
70

Số cơ sở
cần lấy
mẫu/1 xã
(b)
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
70

Số mẫu
cần lấy/1
cơ sở
(c)
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
70

Tổng số
mẫu xét
nghiệm

Mẫu
gộp thí
nghiệm

125
125
125
125
125
125
125
125
125
125
125
125
125
125
1.750

25
25
25
25
25
25
25
25
25
25
25
25
25
25
350

Ghi chú: (a) Giai đoạn 1: lựa chọn số xã; (b) Giai đoạn 2: lựa chọn số cơ sở nuôi; (c) Giai đoạn 3: tính số mẫu
cần lấy. Tổng số mẫu xét nghiệm = Số xã cần lấy mẫu x Số cơ sở cần lấy mẫu/1 xã x số mẫu cần lấy/1 cơ sở.

Với đặc điểm chăn nuôi lợn nhỏ lẻ chiếm đa số (trên 70%, theo số liệu
thống kê của các tỉnh), do đó để tăng cơ hội phát hiện được bệnh, chúng tôi
quyết định tại mỗi xã, lấy 25 mẫu tại 05 cơ sở, hộ chăn nuôi lợn, mỗi hộ tiến
hành lấy 05 mẫu đủ để gộp thành 01 mẫu xét nghiệm.
3.5.2. Phương pháp điều tra hồi cứu
Khi giải trình tự gen và phân tích cây phát sinh loài của virus PCV2, điều
tra ngược lại các mẫu đã được xét nghiệm trong phòng thí nghiệm.
3.5.3. Phương pháp thu thập mẫu
Sử dung phương pháp thu thập mẫu huyết thanh, mẫu dịch hầu họng và
mẫu phủ tạng.
3.5.4. Phương pháp chiết tách ADN/ARN
Sử dụng bộ kit TacoTM DNA/RNA Extraction Kit, máy chiết tách nucleic
acid tự động TacoTM và theo hướng dẫn của nhà sản xuất.

7


3.5.5. Phương pháp Realtime PCR
Áp dụng theo phương pháp Realtime PCR của Trung tâm chẩn đoán Thú y
Trung ương đã được công nhận ISO/IEC 17025:2005.
3.5.6. Phương pháp PCR
Sử dụng kít PCR thương mại (i-StarMaster) và theo hướng dẫn của nhà sản
xuất. Đối với sản phẩm PCR phục vụ giải trình tự gen (nhân lên bởi cặp mồi
CV1/CV2, CV3/CV4), sản phẩm PCR được tinh sạch bằng sạch bằng QIAquick
PCR Purification Kit (Qiagen).
3.5.7. Phương pháp giải trình tự và hoàn thiện trình tự gen
Thực hiện tại công ty 1st BASE (Singapore).
3.5.8. Phương pháp phân tích trình tự gen
Sử dụng Chương trình MEGA 6 để dựng cây phát sinh chủng loại.
3.5.9. Xây dựng cây phát sinh chủng loại
Sử dụng phần mềm MEGA6 để xây dựng cây phả hệ được dựa trên trình tự
gen mã hóa capsid protein (gen ORF2).
3.5.10. Phương pháp nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử theo không
gian - thời gian
Sử dụng các phần mềm Quantum GIS, phần mềm BEAST, SpreaD3.
3.5.11. Phương pháp đo lường tính đa dạng về di truyền
Sử dụng phương pháp Principal Coordinate Analysis (PCoA).
3.5.12. Phương pháp xử lý số liệu
Xử lý bằng phần mềm MS Excel 2010; so sánh sự sai khác giữa các yếu tố
bằng phép thử χ2 (phần mềm Minitab 14.0) và phép thử Fisher Exact Test (phần
mềm SAS 9.1).
PHẦN 4. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
4.1. SỰ LƯU HÀNH PCV2 Ở LỢN NUÔI TẠI VIỆT NAM
4.1.1. Kết quả nghiên cứu sự lưu hành PCV2 theo địa phương
Nghiên cứu này đã lấy mẫu để nghiên cứu sự lưu hành PCV2 đồng thời ở
ba miền Bắc - Trung - Nam và trong khoảng thời gian từ 2015-2018 được trình
bày ở hình 4.1 và bảng 4.1.

8


A

2006

B

2012

C

2015

D

2018

E

2018

F

2015-2018

Phạm vi lấy mẫu của các nghiên cứu trước đây: (A) Nguyễn Thị Thu Hồng và cs. (2006), (B) Huỳnh Thị Mỹ Lệ
và cs. (2012), (C) Bùi Trần Anh Đào và cs. (2015), (D) (Phạm Hoàng Sơn Hưng và cs. (2018), (E) Lê Thị Thu
Phương và cs. (2018). Phạm vi lấy mẫu của đề tài này (F).

Hình 4.1. Kết quả so sánh về phạm vi lấy mẫu phát hiện PCV2
Kết quả xác định tỷ lệ lưu hành PCV2 ở lợn nuôi tại 14 tỉnh đại diện cho
ba miền Bắc – Trung – Nam được trình bày ở bảng 4.1 và hình 4.2.
Bảng 4.1. Kết quả xác định sự có mặt của PCV2 từ các địa phương

TT

Tỉnh

1
Bắc Ninh
2
Hải Dương
3
Hòa Bình
4
Hà Nội
5
Hải Phòng
6
Hưng Yên
7
Thái Nguyên
8
Hà Tĩnh
9
Quảng Trị
10 Thừa Thiên Huế
11 Quảng Nam
12 Bình Dương
13 Tiền Giang
14 Vĩnh Long
Tổng hợp

Số mẫu xét
nghiệm
25
25
25
25
25
25
25
25
25
25
25
25
25
25
350

Số mẫu
dương tính
8
6
10
22
4
8
5
13
14
9
13
11
14
7
144
9

Tỷ lệ (%) dương tính
(95%CI)
32,00 (14,95 – 53,50)
24,00 (9,36 – 45,13)
40,00 (21,13 – 61,33)
88,00 (68,78 – 97,45)
16,00 (4,54 – 36,08)
32,00 (14,95 – 53,50)
20,00 (6,83 – 40,70)
52,00 (31,31 – 72,20)
56,00 (34,93 – 75,60)
36,00 (17,97 – 57,48)
52,00 (31,31 – 72,20)
44,00 (24,40 – 65,07)
56,00 (34,93 – 75,60)
28,00 (12,07 – 49,39)
41,14


Hình 4.2. Tỷ lệ dương tính với PCV2 tại các địa phương thu mẫu
Tỷ lệ lưu hành PCV2 ở Việt Nam là 41,14%. Kết quả nghiên cứu cũng chỉ
ra PCV2 lưu hành ở tất cả các tỉnh nghiên cứu (14/14) với tỷ lệ không nhỏ dao
động từ 16% - 88%, trong đó tỷ lệ mẫu kiểm tra dương tính với PCV2 cao
nhất ở Hà Nội là 88%, thấp nhất ở Hải Phòng là 16%.
4.1.2. Kết quả xác định sự lưu hành PCV2 theo quy mô chăn nuôi
Kết quả xác định tỷ lệ lưu hành PCV2 theo quy mô đàn được trình bày ở
bảng 4.2.
Bảng 4.2. Tỷ lệ lưu hành PCV2 ở đàn lợn theo các quy mô chăn nuôi
Số mẫu
Tỷ lệ (%) dương tính
Quy mô đàn Tổng số mẫu
kiểm tra
dương tính
(95%CI)
(con)
1
<100 con
110
46
41,82 (32,48 – 51,61)
2
100 - 300
62
17
27,42 (16,85 – 40,23)
3
300 - 500
98
43
43,88 (33,87 – 54,27)
4
>500
80
38
47,50 (36,21 – 58,98)
Tổng hợp
350
144
41,14
Ở các đàn lợn nuôi có quy mô khác nhau thì tỷ lệ dương tính với PCV2
khác nhau, cụ thể những đàn lợn có quy mô lớn hơn 500 con thì tỷ lệ dương
TT

tính trung bình là 47,50%, tỷ lệ dương tính thấp nhất ở quy mô 100-300 con
là 27,42%. Ở những trại có mức quy mô đàn phổ biến từ 300 – 500 con và
nhỏ hơn 100 con thì tỷ lệ lưu hành PCV2 khá cao, lần lượt trung bình là
43,88% và 41,82%. Tuy tỷ lệ dương tính với PCV2 giữa các quy mô đàn có

10


vẻ khác nhau lớn nhưng kiểm định χ2 cho biết trên phương diện thống kê, các
tỷ lệ này không khác nhau vì trị số p = 0,4085 > 0,05.
4.1.3. Kết quả xác định tỷ lệ lưu hành PCV2 ở đàn lợn thuộc các lứa tuổi
Kết quả xác định tỷ lệ lưu hành PCV2 của lợn ở các lứa tuổi khác nhau
được trình bày ở bảng 4.3.
Bảng 4.3. Kết quả xác định tỷ lệ lưu hành PCV2 ở các lứa tuổi lợn
Tỷ lệ (%) dương tính
Tổng số mẫu
Số mẫu
TT Nguồn gốc mẫu
kiểm tra
dương tính
(95%CI)
96
38
39,58 (29,75 – 50,08)
1 Lợn con theo mẹ
2

Lợn thịt

186

84

45,16 (37,87 – 52,61)

3

Lợn nái

68

22

32,35 (21,51 – 44,79)

144
41,14
Tổng hợp
350
Mẫu bệnh phẩm lợn dương tính với PCV2 ở bất cứ nhóm tuổi nào, tỷ lệ
dương tính thấp nhất là lợn nái đạt 32,35%; thấp hơn so với hai lứa tuổi lợn con
theo mẹ và lợn thịt lần lượt là 39,58% và 45,16%. Tuy tỷ lệ dương tính với
PCV2 ở các lứa tuổi lợn có vẻ khác nhau lớn nhưng kiểm định χ2 cho biết trên
phương diện thống kê, các tỷ lệ này không khác nhau vì trị số p = 0,4704 > 0,05.
4.1.4. Kết quả nghiên cứu sự lưu hành của bệnh do PCV2 gây ra
Kết quả theo dõi triệu chứng lâm sàng của một số lợn nghi mắc PMWS
trong quá trình thu mẫu tại các địa phương như còi cọc, chậm lớn, lông thô, triệu
chứng hô hấp, tiêu chảy và viêm da được ghi nhận.
Trong quá trình thu mẫu, một số lợn nghi mắc PMWS được mổ khám để
kiểm tra bệnh tích đại thể. Kết quả cho thấy nhìn chung hiện tượng sưng to và
phân thùy ở các hạch lympho (đặc biệt hạch bẹn nông và hạch màng treo ruột) là
phổ biến. Ngoài ra, các tổn thương còn biểu hiện ở một số cơ quan như phổi có
biểu hiện viêm ở các mức độ khác nhau, gan, thận, ruột, lách xuất huyết.
4.2. ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CỦA PCV2
Đến thời điểm hiện tại, các nghiên cứu về đặc điểm dịch tễ học phân tử của
PCV2 ở Việt Nam mới tập trung theo vùng miền nhất định. Nhằm có kết luận
một cách toàn diện về đặc điểm di truyền cũng như đặc điểm dịch tễ học phân tử
của PCV2 lưu hành trên lãnh thổ Việt Nam, nghiên cứu này đã tiến hành giải
trình tự gen của PCV2 tại 3 miền Bắc- Trung- Nam. Kết quả nghiên cứu cũng
cung cấp cơ sở khoa học cho việc lựa chọn chủng PCV2 trong nghiên cứu vắc
11


xin và đánh giá hiệu quả của vắc xin trong phòng chống PMWS ở lợn.
4.2.1. Kết quả giải trình tự bộ gen của PCV2
Kết quả 14 trình tự gen được xác định và công bố tại Genbank được ký
hiệu: MH470219, MH470220, MH470221, MH470222, MH470223,
MH470224, MH470225, MH470226, MH470227, MH470228, MH470229,
MH470230, MH470231, MH470233.
4.2.2. Phân loại genotype PCV2 lưu hành ở Việt Nam
Để có cơ sở đối chiếu và so sánh, nghiên cứu này cũng thu thập và phân
tích trình tự gen PCV2 của Việt Nam đã được công bố trước đây, chúng tôi sử
dụng các trình tự gen của 20 tỉnh, thành phố đại diện cho cả ba miền Bắc –
Trung – Nam, gồm trình tự gen được xác định trong nghiên cứu này (hình 4.3).
Việt Nam
2016
2013
2011, 2012, 2014, 2016
2009, 2011, 2016

PCV2b:
1A/1B
PCV2b:
CRF

B

100%

2004, 2008, 2009,
2010, 2011,2013

82,94%

2012, 2014, 2015,
2016, 2017

PCV2d

2011, 2013, 2015
2008

99,98%
99,98%

PCV2a:
2A-2E
PCV2c
PCV1

A

(A) Để dễ quan sát, các vị trí có chủng PCV2 phân lập ở Việt Nam được đánh dấu bằng màu xanh, đi kèm năm
phân lập.Giá trị bootstrap ở mỗi nút (node) được hiển thị cho cách phân nhánh chính. Trình tự gen ORF2 của
PCV1 được dùng làm outgroup. (B) Sơ đồ đính kèm đánh dấu 20 tỉnh (màu vàng cam) có mẫu được phân tích.

Hình 4.3. Cây phát sinh chủng loại của các chủng PCV2 phân lập ở Việt Nam
12


4.2.3. Tính đa dạng di truyền của PCV2 lưu hành ở Việt Nam

Đa dạng di truyền còn được thể hiện trực quan bằng phân tích PCoA (hình
4.4). Trên trục tọa độ hình chiếu 1 (coordinate 1), PCV2b: CRF được đánh giá
gần gũi về mặt di truyền với PCV2d và khác biệt rõ với PCV2b: 1A/1B. Trên
trục tọa độ hình chiếu 2 (coordinate 2), PCV2d được đánh giá gần gũi về mặt di
truyền với PCV2b: 1A/1B và khác biệt rõ với PCV2b: CRF. Phân tích PCoA
còn cho thấy các chủng PCV2 lưu hành ở Việt Nam từ 2004 đến 2017, tại 20
tỉnh/ thành phố phân chia thành 3 nhóm tách rời nhau (giới hạn bởi đường nét
đứt). Tuy nhiên, các điểm tọa độ biểu thị cho mỗi chủng phân lập ở mỗi nhóm
(các điểm giới hạn trong đường nét đứt) phân bố phân tán. Đặc biệt, có 6 chủng
phân lập nằm tách rời khỏi phân nhóm 1, 2 và 3. Kết quả này phản ánh sự đa
dạng di truyền ngay trong một genotype/ cluster của PCV2 tại Việt Nam.
KM042410_2008
JX099786_2008

1
Trục hình chiếu 2 (Coordinate 2)

KM042412_2009

KM042405_2011
JQ181588_2011

JQ181595-2011

2
3

Trục hình chiếu 1 (Coordinate 1)
PCV2b: 1A/1B

PCV2b: CRF

PCV2d

Hình 4.4. Hệ tọa độ 2 chiều biểu diễn mối quan hệ gen giữa các chủng
PCV2 phân lập ở Việt Nam
4.2.4. Sự lưu hành của các genotype PCV2 theo không gian và thời gian
Kết quả ở hình 4.5 cho thấy, tại một số tỉnh có sự lưu hành của các nhóm
di truyền khác nhau. Ví dụ, từ năm 2009-2016 đều phát hiện được PCV2
nhóm 1A/1B, CRF và PCV2d lưu hành ở đàn lợn nuôi tại Hà Nội. Về mặt
thời gian, nhóm tái tổ hợp CRF có mặt ở Việt Nam ít nhất từ năm 2004 cho
tới 2013, genotype PCV2d xuất hiện ít nhất từ 2008 cho tới nay (năm 2017).
13


2004

2009

14

2008

2011
2010

2013
2012

2015
2014

2016

Hình 4.5. Phân bố các nhóm di truyền của PCV2 ở Việt Nam theo không gian và thời gian
14

(Năm)
2017


4.2.5. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của genotype PCV2b lưu hành ở Việt Nam
Đặc điểm dịch tễ học phân tử của genotype PCV2b được mô tả như hình 4.6.

Trung Qu?c

Pháp

Nhánh 1

Nhánh 2

Ghi chú: Cây phát sinh chủng loại với các nhánh được đánh dấu bằng màu tương ứng với quốc gia được dự đoán.
Các chủng của Việt Nam được đánh dấu màu xanh

Hình 4.6. Nguồn gốc, sự phát tán theo không gian và thời gian của
genotype PCV2b lưu hành ở Việt Nam
Kết quả phân tích trình bày ở hình 4.6 còn dự đoán mặc dù PCV2b lưu hành
ở Pháp là nguồn gốc tiên phát của các chủng virus thuộc nhóm này trên thế giới,
nhưng các chủng PCV2b lưu hành ở Trung Quốc (nhánh màu tím, hình 4.6) mới
là nguồn gốc trực tiếp của PCV2b lưu hành tại nhiều quốc gia trên thế giới (trong
15


đó có Việt Nam). Đối với các chủng PCV2b lưu hành ở Việt Nam, phần lớn các
chủng (34/39 chủng) được dự đoán bắt nguồn từ virus lưu hành ở Trung Quốc.
PCV2b thuộc nhánh 1 là nhóm di truyền có nhiều chủng PCV2 thực địa lưu
hành ở Việt Nam nhiều nhất. Các chủng này được dự đoán bắt nguồn trực tiếp
từ chủng virus lưu hành ở Trung Quốc (hình 4.7). Trong đó, kết quả phân tích
dự đoán có ít nhất 2 đợt xâm nhập vào nước ta: đợt 1 vào khoảng năm 1992 và
đợt 2 vào khoảng năm 2002 (hình 4.7). Các chủng này sau khi xâm nhập vào
nước ta đã tiếp tục lưu hành và và có thể đã tạo thành nhánh riêng biệt của Việt
Nam và lây lan tiếp ra các tỉnh khác (đánh dấu đường màu đen).

Trung Quốc

Trung Quốc

Trung Quốc

hi chú: Các chủng của Việt Nam được đánh dấu màu xanh

Hình 4.7. Sự phát tán theo không gian và thời gian của chủng PCV2b nhánh 1
xâm nhập vào Việt Nam

Ngoài các chủng PCV2 thuộc nhánh 1, chỉ quan sát được một số chủng
virus lưu hành ở Việt Nam thuộc các nhánh còn lại.

16


Trung Quốc

Hàn Quốc

Ghi chú: Các chủng của Việt Nam được đánh dấu màu xanh

Hình 4.8. Sự phát tán theo không gian và thời gian của chủng PCV2b
nhánh 2 xâm nhập vào Việt Nam
Kết quả phân tích vẫn dự đoán Trung Quốc là nguồn gốc của các chủng virus này
ở Việt Nam (hình 4.8). Tuy nhiên, có 2 chủng PCV2 phân lập năm 2009 được dự đoán
có nguồn gốc từ Hàn Quốc.

4.2.6. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của genotype PCV2d lưu hành ở Việt Nam
Đến thời điểm hiện tại, có hai sự chuyển dịch genotype của PCV2
(genotypic shift) đã được biết: (i) PCV2a sang PCV2b diễn ra trên phạm vi toàn
cầu từ năm 2003 (Cortey et al., 2011, Dupont et al., 2008), (ii) từ 2012 trở lại đây
có sự chuyển dịch genotype lưu hành phổ biến sang PCV2d (Xiao et al., 2015). Ở

17


Việt Nam hiện chưa có nghiên cứu về đặc điểm dịch tễ học phân tử của genotype
PCV2d lưu hành ở Việt Nam.
A

B
Trung Quốc

(A) Cây phát sinh chủng loại với các nhánh được đánh dấu bằng màu tương ứng với quốc gia được dự đoán và
chiều dài được căn chỉnh tương ứng với trục thời gian được dự đoán. (B) Những đường phát tán của PCV2d với
mức tin cậy cao nhất (Bayes Factor > 150).

Hình 4.9. Kết quả phân tích sự phát tán theo không gian và thời gian của PCV2d
Nghiên cứu này đã dự đoán nhanh và chính xác nhánh chính của cây phát
sinh chủng loại (với các nút được đánh màu đỏ, hình 4.9) có nguồn gốc từ Trung
Quốc. Trong đó, ở mức tin cậy cao nhất (Bayes factor > 150) là con đường phát
tán từ Trung Quốc tới các nước/ vùng lãnh thổ như: Braxin, Đức, Italy, Đài
Loan và Việt Nam. Nhận xét này về nguồn gốc của genotype PCV2d ở Trung
Quốc cũng phù hợp với một số công bố trước đây (Guo et al., 2010, Franzo et al.,
2015). Đặc điểm dịch tễ học phân tử của genotype PCV2d ở Việt Nam được làm
rõ ở hình 4.10.

18


Việt Nam

Trung Quốc
Việt Nam

~2010

~2013

~2008

2014

2014 -2017

2012

~1998

2011, 2013
~2005

2015
~2010

2008 - 2011,
2013

~2002
~1978
~2005

2004

Ghi chú: Các nhánh của cây phát sinh chủng loại dự đoán có nguồn gốc từ Trung Quốc được đánh màu đỏ, các
nhánh dẫn tới các chủng lưu hành ở Việt Nam đánh màu đen. Hình tứ giác đánh dấu các nút mà tại đó xảy ra quá
trình chuyển tiếp giữa các chủng có nguồn gốc từ Trung Quốc sang Việt Nam, đi kèm năm dự đoán xảy ra sự
chuyển tiếp. Để dễ quan sát, các nhánh dẫn tới các chủng PCV2 lưu hành ở các nước khác (trừ Việt Nam) đều
được làm mờ.

Hình 4.10. Nguồn gốc, sự phát tán theo không gian và thời gian của
genotype PCV2d lưu hành ở Việt Nam
Toàn bộ 54 trình tự PCV2d thu thập ở Việt Nam từ 2004 - 2017 đều được
dự đoán có nguồn gốc đầu tiên từ Trung Quốc (mô tả bởi đường chuyển tiếp từ
màu đỏ sang màu đen, hình 4.10). Tuy vậy, các chủng này nằm ở các nhánh
khác nhau của cây phát sinh chủng loại. Thời gian xâm nhập của tổ tiên gần nhất
(most recent common ancestor) của các chủng PCV2d phân lập ở Việt Nam
được ước lượng xảy ra vào khoảng các năm: 1998, 2002, 2005, 2008, 2010 và
2013. Kết quả phân tích này cho biết có nhiều đợt xâm nhập của genotype
PCV2d vào Việt Nam.
Như vậy, với các kết quả nêu trên một lần nữa khẳng định, cho tới thời
điểm hiện tại, ở Việt Nam có sự lưu hành đồng thời nhiều nhóm di truyền của
19


PCV2. Trong đó nhóm virus nhóm tái tổ hợp, genotype PCV2d được xác định
lưu hành phổ biến và PCV2d đang chiếm ưu thế hiện nay.
4.3. SỰ ĐỒNG NHIỄM PCV2 VỚI MỘT SỐ VIRUS
Trong điều kiện thực nghiệm, lợn chỉ mắc bệnh thể lâm sàng do PCV2 gây
ra khi được gây nhiễm kết hợp với một số virus như Porcine Reproductive and
Respiratory Syndrome virus (PRRSV), Porcine parvovirus (PPV), Torque teno
virus (TTV) (Krakowka et al., 2002; Ellis et al., 2008). Vì vậy, hiện tượng đồng
nhiễm là một trong những đặc điểm quan trọng khi nghiên cứu về sự lưu hành
của bệnh do PCV2 gây ra. Trong khuôn khổ của nghiên cứu này, chúng tôi
nghiên cứu hiện tượng đồng nhiễm của PCV2 với một số virus đã được chứng
minh đóng vai trò cộng hưởng trong cơ chế sinh bệnh của PCV2 (PRRSV, PPV,
TTV) và một loại virus mới (Porcine circovirus 3, PCV3) có liên quan tới hội
chứng viêm da – thận và sảy thai (Palinski et al., 2016).
4.3.1. Kết quả xác định sự có mặt của một số virus đồng nhiễm
Tiến hành phân tích từ 144 mẫu dương tính với PCV2, chúng tôi đã xác
định được sự có mặt của một số virus như bảng 4.4.
Bảng 4.4. Kết quả xác định sự có mặt của virus

PRRSV_NA type
HP-PRRSV
PPV1
PPV2
PPV3
PPV4

8
14
9
54
25
15

Tỷ lệ mẫu dương tính (%)
(95%CI)
5,56 (2,43 – 10,65)
9,72 (5,42 – 15,77)
6,25 (2,90 – 11,53)
37,50 (29,58 – 45,95)
17,36 (11,56 – 24,55)
10,42 (5,95 – 16,60)

TTV1
TTV2

14
46

9,72 (5,42 – 15,77)
31,94 (24,43 – 40,22)

PCV3

6

4,17 (1,54 – 8,85)

Virus

Số mẫu dương tính

Sử dụng các cặp mồi đặc hiệu với các virus đã nêu ở trên đều phát hiện
được sự hiện diện của các ADN virus (PPV, TTV, PCV3) và ARN virus
(PRRSV) trong mẫu bệnh phẩm. Kết quả cho thấy ngoài dương tính với PCV2
các mẫu cũng đồng thời dương tính với các virus khác, điều này một lần nữa
khẳng định mẫu bệnh phẩm lợn nuôi tại các điều kiện thực địa tại các tỉnh
nghiên cứu có tồn tại các mầm bệnh khác nhau. Đối với các ADN virus, tỷ lệ
20


phát hiện được mẫu dương tính với PPV2, PPV3, PPV4, PPV1 theo thứ tự lần
lượt là 37,5%, 17,36%, 10,42%, 6,25%); tiếp đến TTV1 là 9,72%, TTV2 là
31,94%), thấp nhất là PCV3 (4,17%). Đối với ARN virus tỷ lệ mẫu dương tính
với PRRSV khá thấp, đặc biệt các chủng virus PRRS được phát hiện gồm hai
cluster là PRRSV_NA (nhóm chủng virus có nguồn gốc Bắc Mỹ) và HPPRRSV (nhóm chủng virus có nguồn gốc Trung Quốc) với tỷ lệ lần lượt là
5,56% và 9,72%.
Từ các mẫu dương tính với PCV2, kết quả phát hiện TTV và PPV lưu hành
ở tất cả các tỉnh nghiên cứu, PCV3 chỉ xuất hiện ở 2 tỉnh phía Bắc là Hà Nội và
Hưng Yên, PRRSV chỉ xuất hiện tại 3 tỉnh là Hà Tĩnh, Quảng Trị, Tiền Giang.

A

B

C

D

A: Các tỉnh có mẫu dương tính với TTV; B: Các tỉnh có mẫu dương tính với PPV;
C: Các tỉnh có mẫu dương tính với PCV3; D: Các tỉnh có mẫu dương tính với PRRS

Hình 4.11. Các tỉnh có mẫu dương tính với các virus đồng nhiễm
4.3.2. Kết quả nghiên cứu sự đồng nhiễm PCV2 với một số virus
Mặc dù cơ chế sinh bệnh của các virus sử dụng trong nghiên cứu này chưa
thực sự sáng tỏ nhưng một điều được nhiều nhà khoa học khẳng định đó là hiện
tượng đồng nhiễm của chúng có thể gây thành các bệnh/hội chứng liên quan ở
lợn. Kết quả phân tích hiện tượng đồng nhiễm của PCV2 với các virus trong
nghiên cứu này từ các mẫu dương tính với PCV2 được trình bày ở bảng 4.5.
Kết quả mẫu đồng nhiễm 02 loại virus là 63,19%; số mẫu đồng nhiễm 03
virus là 34,03%, số mẫu đồng nhiễm 04 virus là 2,78%, và không có mẫu nào
đồng nhiễm cả 5 virus, đặc biệt không có mẫu dương tính với riêng PCV2. Kết
quả này cũng là tiếng chuông cảnh báo cho những người làm công tác chăn nuôi
và thú y lưu ý những giải pháp phòng chống bệnh hiệu quả.
21


Bảng 4.5. Kết quả xác định sự đồng nhiễm virus trong mẫu bệnh phẩm
Đồng nhiễm
PCV2-PPV-TTV-PRRS
PCV2-PPV-TTV
PCV2-PPV-PCV3
PCV2-PPV-PRRS
PCV2-TTV-PRRS
PCV2-PPV
PCV2-TTV
PCV2-PRRS
PCV2*

Số lượng
virus

Số mẫu
dương tính

Tổng
hợp

Tỷ lệ mẫu
dương tính (%)

4

4
36
6
6
1
51
19
11
10

4

2,78

49

34,03

91

63,19

3

2

Ghi chú: (*) kết hợp với tác nhân khác.

4.3.3. Đặc điểm sinh học phân tử của loài virus mới đồng nhiễm với PCV2

Từ năm 2015, một loài virus mới với tên gọi Porcine circovirus 3 (PCV3)
đã được phát hiện ở lợn mắc hội chứng viêm da - thận và hội chứng rối loạn sinh
sản. Hiện nay PCV3 đã được phát hiện ở nhiều nước chăn nuôi lợn trên thế giới
(Palinski et al., 2017). Kết quả đánh giá đồng nhiễm cho thấy đã phát hiện được 6
mẫu dương tính ở Hà Nội và Hưng Yên. 5/6 chủng PCV3 được giải trình tự thành
công có chiều dài gen ORF2 là 642 bazơ. Kết quả xây dựng cây phát sinh chủng
loại cho thấy 5 chủng PCV3 của Việt Nam thuộc nhóm di truyền PCV3a, với 4/5
chủng được xếp chung nhóm với các chủng PCV3 có nguồn gốc từ Trung Quốc.
4.3.3.1. Kết quả phân tích trình tự gen mã hóa capsid protein

Giống với trình tự ORF2 của các chủng PCV3 đã công bố trên Genbank, 5
chủng PCV3 của Việt Nam so với chủng tham chiếu GD2016-1 (KY421347)
cho thấy 5 chủng PCV3 của Việt Nam có 39 vị trí xuất hiện đột biến điểm thay
đổi nucleotide. Trong đó, chỉ có 9 vị trí đột biến làm thay đổi amino acid được
mã hóa. Có 4 chủng thực địa thu thập năm 2016 và 2017 (L16-2931, L16-2932,
L17-297 và L17-307) mang đặc trưng kiểu gen V-K-S-I ở amino acid 24, 27, 77
và 150 của dưới nhóm PCV3-a1 và có 1 chủng thực địa (L11-181) mang đặc
trưng của dưới nhóm PCV3-b1 (A-R-S-I ở amino acid 24, 27, 77 và 150). Có
thể thấy gen ORF2 của PCV3 ở Việt Nam có tính bảo thủ tương đối cao và phù
hợp với một số nghiên cứu đã công bố trên thế giới (Stadejek et al., 2017).

22


4.3.3.2. Kết quả phân loại PCV3 dựa vào trình tự gen ORF2
Cây phát sinh chủng loại của PCV3 dựa vào trình tự gen mã hóa capsid protein
được trình bày ở hình 4.12.

SH-like support value

3b

3a

Hai nhóm di truyền (genetic cluster) PCV3a, PCV3b được phân chia theo nghiên cứu của Ku và cs.
(2017). Các nhánh dẫn tới 5 chủng PCV3 ở Việt Nam được đánh dấu màu đỏ. Giá trị SH-like support ở mỗi
nút (node) được biểu diễn dưới dạng chấm tròn với đường kính tỷ lệ thuận với giá trị từ 0% đến 100%.
Chiều dài của các nhánh được biểu diễn tỷ lệ với khoảng cách di truyền (đường nằm ngang).

Hình 4.12. Cây phát sinh chủng loại của các chủng PCV3 lưu hành ở Việt
Nam và một số quốc gia trên thế giới
Kết quả cho thấy phần lớn chủng PCV3 (74/ 86 chủng) thuộc về nhóm di
truyền PCV3a, trong đó có 5 chủng PCV3 của Việt Nam (đường màu đỏ, hình
4.12). Ngoại trừ chủng L11-181 (từ mẫu hồi cứu năm 2011), 4 chủng PCV3 từ
mẫu thực địa năm 2016- 2017 (L16-2931, L16-2932, L17-297, L17-307) được
xếp chung nhóm với các chủng PCV3 có nguồn gốc từ Trung Quốc.
4.3.3.3. Mối quan hệ di truyền giữa PCV2 và PCV3
Để làm rõ mối quan hệ di truyền giữa các chủng thực địa PCV2 và PCV3 ở
Việt Nam, cây phát sinh chủng loại đã được xây dựng dựa vào gen mã hóa
capsid protein. Kết quả phân tích sử dụng các chủng PCV2 đại diện qua các
năm (2004-2017) và PCV3 phát hiện được ở Việt Nam (2011, 2016, 2017) cho
thấy PCV2 và PCV3 tách biệt hoàn toàn thành 2 nhóm độc lập. Nói cách khác,

23


Tài liệu bạn tìm kiếm đã sẵn sàng tải về

Tải bản đầy đủ ngay

×